История появления села Богородское рассказана в старинных легендах. Согласно одной из них, местные татары неоднократно слышали в этих местах колокольный звон. Прознали о том русские и, посчитав местечко святым, решили здесь обосноваться. Согласно другой легенде отряд казаков плыл по Оби в поисках мест удобных для поселения. Остановившись на красивом лугу на отдых, вдруг увидели они, что к берегу прибило икону Пресвятой Богородицы. Посчитав это знаком свыше, решили казаки заложить здесь поселение с часовней, а название ему дать по иконе – Богородское.

 Реальным фактом основания села послужила покупка конным казаком томского гарнизона Иваном Сваровским луга по Оби у татарина Ишпердея Тонгулина. Цена сделки составила два рубля – деньги на то время немаленькие. Согласно купчей, это событие произошло в 1671 году.

 В Советской сибирской энциклопедии 1929 года дана другая дата основания села -1626 год, но источник информации не указывается.

 Название села, как говорилось выше, связано с иконой Божьей матери. Первую икону, написанную на бумаге, привёз в Томск отец основателя – Астафий Сваровский. Первопоселенцы Богородского – Иван, брат его Иоан и Илларион-посельник срубили для неё небольшую часовню. В 1702 году для богородцев в Тобольске была написана новая икона Смоленской Божьей матери Одигитрии (Путеводительницы).

 Икона считалась чудотворной. На пожертвования исцелённых, почитателей и прихожан она со временем была украшена золочёной ризой с драгоценными камнями. Ежегодно устраивались крестные ходы в Томск и по селам Богородской и соседних волостей.

 В 1709 году жители Богородского построили первую деревянную церковь, которая вскоре была смыта рекой Обью. Вторая церковь, видимо тоже деревянная, была построена на некотором отдалении от берега. В 1801 году был построен каменный трехпрестольный храм с каменной же колокольнею. Священник Богородской церкви носил титул благочинного и руководил деятельностью тринадцати церковных приходов. В 1936 году церковь была закрыта. В 1937 году снесли колокольню. Летом 1941 года церковь решено было разобрать.

 Богородское было не только церковным, но и административным центром Шегарского Приобья. Богородская волость в 18-19 веках занимала территорию нынешних Шегарского и частично Кожевниковского, Томского и Кривошеинского районов.

 В селе находились: волостное правление со сборной избой для собрания представителей крестьянских обществ и каталажкой (камерой для арестованных), резиденции станового пристава (начальник местной полиции), мирового судьи, лесничего и земского заседателя (чиновника по крестьянским делам).

 Из других учреждений здесь находились: бесплатная народная библиотека-читальня, почтово-телеграфное отделение, сельское гражданское училище (до него – церковно-приходская школа), крестьянская богадельня, пароходная пристань, паромная переправа, хлебный магазин (государственное зернохранилище).

 Во второй половине 19 века Богородское стало торговым центром Томского Приобья: здесь проводили еженедельные базары и две недельные ярмарки в год – летнюю Ивановскую и зимнюю Михайловскую. В селе действовало 10 торговых лавок с мануфактурными, галантерейными, бакалейными и прочими товарами. Кроме того, в Богородском находились 3 кожевенные мастерские, маслодельный и солодовенный заводы и 4 питейных заведения.

 В Богородском сходились и уходили на Томск 3 больших тракта – Шегарский (ветка Большого Сибирского тракта), Колыванский и Нарымский. Это способствовало экономическому развитию села, а жители рано стали приобщаться к городской материальной культуре.

 С 1900 по 1910 год в селе проживал известный художник Владимир Дмитриевич Вучичевич-Сибирский. Его дом, построенный на левом берегу Старой Оби имел 4 этажа.

 Здесь, в Богородском, художник создал лучшие свои произведения:  «Разрушенная берлога», «Вечерняя тишина», «Восход солнца среди пиков и кряжей луны».

 В 1924 году Богородское становится центром Богородского района. В начале 30-х гг. в Богородском образуется колхоз имени Сталина и рыболовецкий совхоз «Промысловик».

 20 января 1936 года ВЦИК утвердил постановление Запсибкрайисполкома об образовании Шегарского района с центром в селе Богородское, переименованном в Шегарское. В то же время совхоз «Промысловик» преобразуется в колхоз имени  Шмидта.

 В 1936 году появился свой радиоузел, открылась районная типография. Вышел в свет первый номер газеты «За освоение Севера». В то же время начинается строительство Дома Советов, школы, бани, банка, универмага, 20 жилых домов,  устраивается стадион, новая базарная площадь, обосновывается комендатура НКВД.

 В 1938 году начинается строительство кирпичного завода, салотопки, заканчивается строительство электростанции. В это время уже действовали маслозавод, заготживсырье, пекарня, отделение связи, стройколонна, организуется коммунальное хозяйство.

 В 1939 году начинается строительство нефтебазы.

 В связи с постоянными весенними разливами и затоплением Богородского,  в 1938 году было решено перенести райцентр в Мельниково. На новостройку было перенесено и название – Шегарка, а Богородское-Шегарское стали называть Старой Шегаркой. Сильные наводнения 1939 и 1941 гг. ускорили переезд административных органов, учреждений, предприятий и жителей села. Богородское  утратило свое былое значение.

 Сегодня село постепенно становится дачным поселком.