С 1988 г. в Доме пионеров райцентра  начал работать краеведческий кружок, впоследствии из него вышли группа экскурсоводов и экспедиционная группа. Идея создания музея в селе Мельниково принадлежала Шегарскому райкому ВЛКСМ и председателю районного Совета ветеранов Н.С. Волкову. Помещение для музея выделил начальник коммунального хозяйства П.Н. Девяшин, для чего была предоставлена половина первого этажа в конторе ЖКХ.

 С сентября 1988 г. началась работа по созданию фондов и материально-технической базы музея. Кураторами работ выступили первый секретарь райкома ВЛКСМ А.П.Крот и третий секретарь райкома ВЛКСМ Н.Н. Мурашкина (Разумова). Оформление музея было поручено художнику-оформителю Л.А. Бабиш. Стройматериал и денежные средства предоставили предприятия и организации с. Мельниково, но основная нагрузка легла на Фонд молодежных инициатив райкома комсомола (руководитель – Н.А. Торопов).

 Среди первых экспонатов, переданных музею, были экспонаты музея школы №1, собранные учителем истории Безряковой В.И., предметы, переданные Побединской и Монастырской школами. Пополнили фонды находки, сделанные во время земельных работ, археологических разведок. Большая часть экспонатов – предметы, переданные в дар музею жителями района.

 23 ноября 1988 года председатель райисполкома Борис Иванович Юргин подписал Распоряжение №3-333 "Об организации районного музея Боевой и Трудовой славы".

В августе 1990 г. музею было передано здание старой конторы ЖКХ. Оформительские работы были поручены бригаде Фонда молодежных инициатив, в состав которой входили бригадир В.В. Студеникин, а также П.И. Девятков,     В. Безлер, Ю. Селиванов, И. Быков. Эскизы оформления были выполнены В.В.Студеникиным. 6 мая 1992 года состоялось торжественное открытие музея.

В 1994 г. музею было присвоено звание «Школьного музея». В 1999 г. музей был зарегистрирован как «Муниципальный школьный краеведческий музей Шегарского района». В 2000 г. была проведена работа по лицензированию образовательной деятельности музея. В 2000-2001 годах при музее действовали кружки: «Фольклорно-этнографический» и «Резьба по дереву». В 2004-2005 г. экспедиционная группа в составе    Шегарской экспедиции (руководитель – Плетнева Л.М.)  принимала участие в археологических раскопках на Малобрагинском городище. С 2007 г. музей передан в ведение отдела культуры, спорта, молодежной политики и туризма Администрации Шегарского района под новым наименованием «Краеведческий музей Шегарского района».

В июле 2008 г. по распоряжению главы Шегарского района О.И. Майкова музей получил новое здание – отдельный корпус на территории школы №1. С октября 2008 г. по январь 2009 г. были проведены ремонтные работы бригадами предприятий «Обь-Агро» (начальник-Михалев В.В.), «Дорстрой» (начальник – В.А. Безруков), частного предпринимателя В.А. Тырышкина. Параллельно шла разработка новой музейной экспозиции. Дизайном и изготовлением оборудования занималась томская компания «КОПитал» (коммерческий директор – А.А. Лебедев). 30 января 2009 года музей принял первых посетителей в новом помещении.

Руководители музея: А.Г. Катушенок (ноябрь 1990 - июнь 1992 г.), П.А. Останина (август 1992 г. – октябрь 2001 г.), Л.Т. Вдовина (октябрь 2001 г. - апрель 2008 г.),   Н.В. Пермикина (апрель 2009 г. - август 2013 г.). С сентября 2013 года руководителем музея является Т.В. Быканова. 

Хранителем фондов с 1992 г.  работает В.Н. Косов. В 2006 году сотрудниками музея был подготовлен сборник очерков «Судьба Земли Шегарской». 

Основными целями учреждения являются: выявление, собирание, хранение, изучение и публичное представление музейных предметов и музейных коллекций, осуществление просветительской деятельности в целях объективного отражения истории Шегарского района, организация досуга посетителей.

В целях пополнения коллекций качественными экспонатами сотрудники музея ведут планомерную работу, наладили сотрудничество с лучшими мастерами-таксидермистами Томской области. Благодаря финансовой помощи  Учредителя музея  - Администрации Шегарского района  с 2012 года естественно-научная коллекция музея значительно пополнилась таксидермическими изделиями - замечательными чучелами птиц и животных. Посмотреть на эту красоту в постоянной экспозиции «Природа Шегарского района» может любой посетитель.

С целью увеличения числа предметов основного фонда ежегодно проводится акция «Почётный даритель». Сотрудники музея принимают активное участие в  организации и проведении мероприятий районного и областного уровня.

В 2014 г. с целью улучшения доступности  учреждения для инвалидов, посетителей с ОВЗ и других маломобильных групп населения проведено строительство тротуара  и крыльца, оборудованного пандусом, козырьком. Строительные работы выполняла бригада ИП Герман А.В.

В 2014-2015 гг. сотрудниками музея оказано содействие ГТРК Россия «Красноярск»  в организации съёмок  фильма об И.М. Смоктуновском  «Смоктуновский – Сибирский Гамлет» (режиссёр Светлана Макарова) и  содействие в съёмках фильма "Иннокентий Смоктуновский. Пророчество для гения" Первый канал, Россия 1, телеканал "Звезда" Режиссёр Svetlana Terner.

В 2016 г. создан сайт учреждения, который постоянно модернизируется и актуализируется. На сайте созданы разделы: «Виртуальный музей»  и «Выставки», где все желающие могут познакомиться  с постоянными экспозициями и временными выставками нашего музея.

 «Краеведческий музей Шегарского района» трижды: в 2015 г., 2017 г. и 2020 г. занимал I место в конкурсе среди муниципальных музеев Томской области (в Региональном этапе Общероссийского конкурса на получение денежного поощрения лучшими муниципальными учреждениями культуры, находящимися на территориях сельских поселений Томской области, и их работниками). Благодаря выигранным средствам существенно улучшена материально-техническая база учреждения, выполнены благоустроительные работы: проведены водопровод, канализация, оборудовано санитарно-гигиеническое помещение для посетителей и сотрудников. Строительно-ремонтные работы выполняли бригады МУП «Комфорт» (директор Кутчер М.А.) и ИП Герман А.В.

Сотрудники музея В.Н. Косов, Т.В. Быканова были признаны Победителями конкурса на получение денежного поощрения лучшими муниципальными учреждениями культуры, находящимися на территориях сельских поселений Томской области, и их работниками в номинации  «Музейное дело. Работники учреждений культуры»  (в 2016 г., 2021 г. и 2018 г., 2022 г. соответственно).

В 2017 году краеведческий музей Шегарского района включён в брендовый туристический маршрут выходного дня (3 дня/2 ночи) "Окно в Сибирь. Золотое кольцо Томской области". Благодаря маршруту значительно расширена география посетителей. Проект брендового маршрута разработан томским отделением Русского географического общества (РГО)  в рамках развития внутреннего туризма, поездки организует компания "Полярис". Районный краеведческий музей знакомит с культурным, природным, историческим наследием Шегарского района, боевой славой воинов-шегарцев, с русским бытом и загадочными предметами старины. В ходе знакомства с крестьянскими традициями наших предков туристы могут насладиться русскими народными песнями в исполнении местных артистов, а также поучаствовать в мастер-классе «Прядение на веретене». Туристы также знакомятся с  легендой о Чудотворной Смоленской иконе Божией Матери «Одигитрия» из села Богородское и рассказом о тернистом жизненном и творческом пути нашего прославленного земляка - Иннокентия Смоктуновского. В течение 2017-2018 годов уже более 500 туристов всех категорий, в том числе школьники, кадеты из Томска, Северска, районов области посетили наш музей.

По результатам независимой оценки качества работы организаций, оказывающих услуги в сфере культуры в 2017 году МКУК «Краеведческий музей Шегарского района» занял 1 место в рейтинге в группе «музеи» среди 9 организаций Томской области. Среди 1649 музеев Российской Федерации наш музей занял 51 место.

На 1 января 2023 года основной фонд музея насчитывает 5334 предмета. Одними из самых ценных с исторической точки зрения являются: коллекция окаменелостей древних геологических эпох, палеонтологическая, нумизматическая коллекция, археологическая коллекция, являющаяся доказательством существования в районе древних поселений. Самыми древними экспонатами являются окаменелости (345 миллионов лет). Из археологической коллекции: тесло (6 тыс. лет до н.э.),  фрагмент керамики (около 2 тыс. лет до н.э.).

Ежегодно музей принимает от 7 до 9 тысяч посетителей, проводит экскурсии в музее и выездные вне учреждения, привлекает туристов.

Сотрудники музея оформляют более 20  временных выставок в год (в том числе выездных) из собственных фондов, частных коллекций, фондов других музеев, активно сотрудничают с районными и областными учреждениями.

Сотрудники проводят уроки мужества для обучающихся школ района, часы краеведения, встречи со знаменитыми людьми района, квесты, викторины, игры, активно сотрудничают со средствами массовой информации, осуществляют PR - деятельность, разрабатывают и реализуют проекты, внедряют новые формы и выступают с опытом своей работы на мероприятиях районного и регионального уровня, работают в качестве экспертов  муниципальных, межмуниципальных, региональных фестивалей, форумов, конференций, конкурсов.

Внедрение инновационных форм и методов работы с населением  в музейную практику позволяет сотрудникам музея сделать культурный процесс более эффективным, интересным, максимально приближенным к требованиям сегодняшнего дня. Сотрудники музея регулярно проходят курсы повышения квалификации, занимаются самообразованием, постоянно совершенствуя свои профессиональные качества.