Шегарский район имеет равнинный рельеф, половину его территории занимают лиственные и хвойные леса, другую половину – луга и болота. В районе более 70 озёр и прудов и около 50 рек и ручьёв. Самая крупная река в пределах территории – Обь, второй по величине рекой является Шегарка. Различные ландшафты создают большое разнообразие мест обитания для животных.

 Среди представителей млекопитающих многочисленны хищники. Наиболее крупным хищником является бурый медведь, достигающий 300 - 400 кг при длине тела до 2,5 метров. Крупным, до 20-30 кг веса, хищником является рысь. К семейству собак относятся волк, лиса и недавно появившаяся в наших краях енотовидная собака. К семейству куньих относятся росомаха, соболь, куница, хорёк, колонок, норка, ласка и горностай.

 В лесах обитают белка, летяга, бурундук, заяц-беляк, барсук. По берегам рек водятся выдра, бобр, ондатра. Широко распространены мелкие грызуны: полёвки, землеройки, мыши. Из копытных на территории района обитают лось и косуля. Мир рептилий небогат. Это ящерицы, ужи и гадюки.

 Мир птиц района богат и разнообразен. В лесах обитает много хищных птиц: орёл-беркут, орлан-белохвост, коршун, ястреб-тетеревятник, скопа и др. К ночным хищникам относятся филин и совы. Широко распространены тетерев, глухарь, рябчик, куропатка. Богат мир зерноядных и насекомоядных птиц. Это щеглы, снегири, дрозды, синицы, воробьи, поползни, кедровки, дятлы, ласточки, сороки, вороны, сойки, мухоловки и др. С севера на зиму прилетают белая куропатка и полярная сова.

 Летом на реках и озёрах много водоплавающих птиц: уток, гусей, лебедей, куликов. Весной и осенью на водоёмах останавливаются на отдых перелётные птицы.

 В нашем районе богата фауна водных животных, особенно рыб. Одни виды рыб предпочитают стоячую воду, другие – проточную. В реках водятся стерлядь, елец, налим, сибирский подкаменщик, в озёрах – карась, линь. Плотва, язь, щука, ёрш – озёрно-речные рыбы.

 Из низовий Оби по окончании весеннего ледохода для нагула и размножения заходят осетр, нельма, муксун, пелядь (сырок). Осетр, кроме того, имеет в Оби зимовальные ямы.